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东京湾出现“独眼幽灵船”，船上遗留一张 20 年前被炸毁的警视厅大楼照片。柯南与高木在船舱找到一只被挖去镜片的单片眼镜，镜架内侧刻着“零”。调查指向当年爆炸案唯一失踪者——爆破专家鬼塚隼人。鬼塚在狱中留下摩斯密码：“左眼看见真相，右眼看见谎言。” 柯南追踪到千叶港仓库，发现鬼塚用激光反射在集装箱上投射出当年真正的引爆点：并非警视厅，而是旁边被忽视的证据库，里面藏着警方与黑帮串供的录音。最终，鬼塚在海上引爆空船，以生命为眼，让“零”档案公之于众

天体物理学家李教授发现地球陷入永远重复的时间循环中，每天都会重新开始相同的24小时。只有少数人记得循环的存在，其他人每天都会重新经历相同的事件。当李教授试图打破循环时，发现这是高级文明设置的实验，目的是观察人类在受限环境中的行为模式。她必须在拯救人类和接受实验之间做出选择。

当宇宙网络系统主席艾米建立数字记忆重力观测宇宙网络系统时，她发现记忆具有连接不同星系文明的"重力效应"。宇宙网络系统观测数据显示，某些记忆具有强大的"跨星系吸引效应"，能够跨越文明差异将具有相似情感经历的存在自然聚集。但当观测网络系统被军用化后，艾米发现重力观测被武器化的危险。更复杂的是，当宇宙观测网络系统的建立改变了宇宙记忆生态的重力平衡时，意识到观测行为的深刻影响。艾米意识到数字记忆重力观测的真正意义不在于精确测量，而在于理解记忆如何连接不同星系文明的个体与集体，形成有意义的宇宙情感共同体。她必须在科学探索和防止技术滥用之间寻找平衡。